Periodo 1980-1991

Contralmirante Efraín Paredes Crespo
07 Abril 1981       -   13 Sept. 1988

CPNV-EM Hugo Cañarte Jalón
13 Sept. 1988      -   06 Oct. 1988

CPNV-RT Oswaldo Rosero Lozada
06 Octubre 1988 -   01 Junio 1990

CPCB-RT Eduardo Vinueza Gómez
01 Junio 1990     -   26 Oct. 1990

CPCB-UN Jeovanni Santillán Paredes
26 Octubre 1990 -   04 Marzo 1991
Periodo 1991-2005

CPFG-EM Jorge Samaniego Méndez
04 Marzo 1991 - 16 Agosto 1991

CPFG-EM Carlos Aguilera Corral
16 Agosto 1991 - 11 Octubre 1991

CPCB-SP Luis Barahona López
11 Octubre 1991 - 26 Enero 1997

CPNV-EM Reinaldo Dueñas
26 Enero 1997 - 10 Mayo 2002

CPNV-EMC Gonzalo Toledo Serrano
10 Mayo 2002 - 11 Febrero 2005
Periodo 2005-2013

CPNV-EM Manuel Balda Santos
11 Febrero 2005 - 14 Octubre 2005

CPNV-EMC (SP) Wilson Guerrero Cevallos
14 Octubre 2005 - 15 Octubre 2008

CPNV-EMC (SP) Lcdo. Víctor Meza Aulestia
15 Octubre 2008 - 19 Octubre 2010

CPCB-SU Iván Herrera Suárez
19 Octubre 2010 - 28 Octubre 2010

CPNV-EMC José Díaz Acosta
28 Octubre 2010 - 09 Agosto 2013
Periodo 2013-2017

CPNV-EM José VERA Ayala
09 Agosto 2013 - 18 Febrero 2015

CPNV-EM Jacinto LINTHON Triviño
19 Febrero 2015 - 17 Febrero 2016

CPNV-EM Xavier BRIONES Martínez
18 Febrero 2016 -  27 Enero 2017

CPNV-EM Pablo TASCÓN Armendáris
28 de Enero 2017 - 16 de Enero 2018

CPFG-EM Carlos BODERO Mala
Asume el cargo de Director de la institución el 17 de enero del 2018
Periodo 2017-2018